NIVEAU 1
Patients simulés
∞
corrigé parfait
Le mécanisme est inventé. Sert à vérifier la machinerie — jamais à conclure.
Un banc d'essai qui compare des méthodes de sélection de cibles pour un vaccin thérapeutique personnalisé — et qui mesure ce qu'elles valent sur des données publiques, réussites et échecs.
Ce travail ne soigne personne, ne remplace aucun médecin, ne donne accès à aucun traitement ni à aucun essai clinique. Il n'y a rien à vendre ici. Si vous ou un proche êtes concernés par un cancer, la seule bonne adresse est votre équipe soignante.
La question
La question n'est donc pas « cette cible est-elle bonne ? », mais : parmi toutes les cibles possibles chez ce patient, lesquelles retenir — et dans quel ordre ?
Un classement ne s'évalue que sur un patient dont on connaît toutes les cibles testées en laboratoire : celles qui ont déclenché une réponse immunitaire comme celles qui n'ont rien déclenché. C'est cette confrontation que ce banc d'essai automatise.
La preuve
Mélanger une simulation et un essai réel, c'est se mentir avec des chiffres exacts.
Le mécanisme est inventé. Sert à vérifier la machinerie — jamais à conclure.
Sur 156 403 essais menés sur de vraies cellules. Une base qui ne garderait que les succès ne mesurerait aucune erreur.
Le seul juge possible d'un classement complet : des patients réels dont on connaît chaque verdict.
Provenance
Aucune donnée n'est produite ici. Tout vient de travaux publiés sous licence libre, et chaque chiffre affiché est compté sur le fichier lui-même plutôt que recopié d'un article.
| Source | Ce qu'elle établit | Licence |
|---|---|---|
| CEDAR / IEDB
cedar.iedb.org financé par le NCI (NIH) export du 23/09/2026 |
Vérité cible par cible : 156 403 essais, 87 899 échecs documentés. Chaque ligne remonte à son article. | CC BY 4.0 |
| Matrices harmonisées
Müller, Bassani-Sternberg et al. Immunity 2023 DOI 10.1016/j.immuni.2023.09.002 |
Vérité de classement par patient, sur trois cohortes : NCI, sous-ensemble TESLA ré-annoté, HiTIDE. | CC BY 4.0 · GPL |
| Consortium TESLA
Wells et al. Cell 2020 DOI 10.1016/j.cell.2020.09.015 |
Producteurs originaux des épitopes jugés en aveugle, puis testés sur échantillons de patients. | voir l'article |
| Ostéosarcome
don public de Sid Sijbrandij Rare Cancer Research Foundation |
Génome réel complet. Porte des résultats publiés : 628 peptides réels, 12 420 candidats. | CC0 |
| Protéome humain UniProt / Swiss-Prot | Le filtre du soi. Sans lui, on ne peut pas dire qu'un peptide est un néoantigène — seulement qu'il est muté. | CC BY 4.0 |
Transparence
Les modèles de langage, les prédicteurs, les bibliothèques. Rien n'est caché : un résultat qu'on ne peut pas refaire n'est pas un résultat.
Via Ollama, sur la machine, sans réseau. Il ne sert qu'à mettre en phrases le carnet de bord. Aucun chiffre, aucun résultat, aucune décision scientifique ne passe par lui. S'il ne répond pas, le texte brut est publié tel quel.
Le code de ce laboratoire a été écrit en binôme avec un assistant d'IA. C'est dit ici parce que ça fait partie de la méthode — et parce que chaque résultat reste vérifiable indépendamment de la façon dont le code est né.
Réseau de neurones spécialisé, pas un modèle de langage. Sert à recalculer indépendamment les affinités publiées : c'est de cette confrontation que sort l'écart médian mesuré. Absent, le repli est annoncé comme tel.
| Brique | Rôle | Licence |
|---|---|---|
| python-satMiniSat 2.2 · Glucose 4 | Solveurs de satisfiabilité — le moteur d'origine du laboratoire. | MIT |
| scikit-learnHistGradientBoosting | Apprentissage sur les signalements jugés à la main. | BSD-3 |
| UMAP · HDBSCAN | Projection et regroupement des instances, pour voir des familles. | BSD-3 |
| NumPy · pandas · SciPy · Numba | Calcul, statistiques, compilation à la volée. | BSD-3 |
| Streamlit · Plotly | L'interface et ses graphiques. | Apache 2.0 · MIT |
| SQLite + SHA-256 | Le registre scellé : chaîne d'empreintes vérifiable, certificat exportable. | domaine public |
| Pipervoix fr_FR-siwis-medium | Synthèse vocale du film, sur la machine — aucune voix d'IA en ligne. | MIT |
| Sarek · VEP · pVACseq | Chaîne de référence qui a produit les épitopes du génome réel exploité. | MIT · Apache 2.0 |
| CuPyfacultatif | Accélération GPU quand la carte est là. Sinon, le calcul se fait sans. | MIT |
Avancement
Pas un pourcentage d'avancement « vers un vaccin » : personne ne sait quelle fraction de ce chemin-là est faite, et un chiffre inventé serait lu comme une promesse. Ce qui suit est vérifiable — les jalons du banc d'essai, franchis ou non.
Chaîne d'empreintes SHA-256, certificat exportable et vérifiable par un tiers.
De la mutation au peptide présenté : lecture, traduction, découpe, affinité.
Le don d'ostéosarcome : 628 peptides réels, 12 420 candidats. Des résultats publiés en viennent.
91,3 % → 47,9 %. Une mesure du laboratoire contre le laboratoire lui-même ; c'est le chiffre bas qui est conservé.
34 cibles reconnues sur 702 testées, 8 patients réels, sous licence libre.
156 403 essais sont sur le disque et déclarés — aucun module ne les lit encore. Récupéré n'est pas branché.
Le lecteur est écrit, testé, et appelé par un outil de mesure : les verdicts réels entrent désormais dans un calcul.
Faite le 11 octobre 2026, sur 8 patients et 736 cibles dont on connaît le verdict. Les quatre façons de classer battent le tirage au hasard de +11 à +14 cibles sur 34, dans les vingt premières places. Une seule mesure, sur peu de patients : une première indication, pas un verdict.
Dépôt public, registre vérifiable, méthode et résultats — y compris les mauvais.
La méthode
Chaque prédiction est écrite, horodatée et scellée dans un registre chaîné par empreintes cryptographiques avant que le calcul ne soit lancé. Celles qui sont démenties sont publiées comme les autres.
Un critère d'évaluation jugé trop généreux a fait retomber ce taux de 43 points. C'est le chiffre corrigé qui est conservé.
Sur des patients inventés, pondérer par la part de tumeur concernée était la meilleure idée. Sur les patients réels, c'est la moins bonne des quatre. Le banc simulé flattait une idée que le réel ne confirme pas.
Et pas « un vaccin qui fonctionne ». La nuance est tout l'écart entre un banc d'essai et une promesse.
Déclarer un chemin n'est pas lire un fichier ;
télécharger n'est pas brancher.
Suivre
Les mesures sont en cours. Une liste de diffusion sera ouverte lorsqu'il y aura des résultats à publier ; elle s'adressera à qui s'intéresse à la méthode, et ne donnera jamais d'information médicale ni de réponse sur un cas particulier.